《甲贺忍法帖》讲述了故事发生在1614年，正值德川家康统一日本，建立了幕府统治体制。此时日本两个最著名的忍者村落分别是?d谷的甲贺和锷隐谷的伊贺。400年来两个村落一直处于敌对状态。为了维护和平，双方祖先曾订立了约定，互不往来但定期比武决胜负。 一个偶然的机遇，两个忍者村落的继承人胧与弦之介在不知彼此身分之下相识，进而坠入情网，但殊不知，德川家康展开政治密谋，废止了伊贺与甲贺之间的和平约定，命令两个村落间各派出五名忍者展开一场生死大对战，胧与弦为了各自家族的荣誉而被迫成为敌人，等待他司令部的将是……